1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组 ...
http: homer.salk.edu homer 怪毛匠子 整理 使用HOMER分析CLIP SEQ数据 月 程序员 Tags:生物信息学 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果。想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保 ...
2018-12-26 21:00 0 2710 推荐指数:
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组 ...
,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
1.下载相关程序: 网址:http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的文件。 2.新建文件夹:homer mkdir homer 3.将刚下载的pl文件移至Homer文件夹中: mv ...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...
大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因。 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围 ...
MACS软件包 cd MACS 5.利用超级权限进行安装(这样做的话,好像不用自己再添加环境变量) ...
转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...
表观遗传 表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序: 参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...