原文:homer进行motif分析 ChIP-seq

http: homer.salk.edu homer 怪毛匠子 整理 使用HOMER分析CLIP SEQ数据 月 程序员 Tags:生物信息学 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果。想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保 ...

2018-12-26 21:00 0 2710 推荐指数:

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motif分析软件-----Homer的安装

1.下载相关程序: 网址:http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的文件。 2.新建文件夹:homer mkdir homer 3.将刚下载的pl文件移至Homer文件夹中: mv ...

Tue Jun 13 23:03:00 CST 2017 0 2712
ChIP-seq流程结果文件解读

接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...

Fri Jun 18 04:21:00 CST 2021 0 305
ChIP-seq技术介绍|易基因

大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因。 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围 ...

Thu Mar 24 23:50:00 CST 2022 0 829
HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测 | motif富集分析

转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...

Wed Apr 17 20:49:00 CST 2019 0 4103
 
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