利用phylip软件对SNP数据构建进化树
一小部分进行测试： 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://z ...
原文：序列比对和构建进化树（clustalw和phylip）
安装clustalw很简单，不提了。 找了几个蛋白序列进行比对，命名为dm.fasta 输入. clustalw 进入交互模式 选择 并输入文件名字 输入 ， 进行多序列比对 如果要修改输入格式，则点 若要输出格式为phylip，则点 ，并关闭 按下回车，后退 选择 进行比对, 因为phylip输入文件为名infile， 所以这里直接改名字infile，并退出软件即可 安装phylip 减压后，进 ...
2018-12-16 16:48 0 1713 推荐指数：
相关推荐
同源序列比对和进化树的绘制（转）
转自：果子学生信 微信公众号 题目：结合本研究领域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白质（SWISSPROT）找出你感兴趣的基因或蛋白质，并找出其同源的基因或者蛋白，分析它们的进化历史 解答： 1.找出感兴趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.净化 ...
根据VCF构建进化树
VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后，选择Data type为Distance ...
构建进化树——bootstrap tests
bootstrap检验是什么? bootstrap检验即自举法检验，就是放回式抽样统计法，通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。 自举检验(bootstrapping)介绍 基因树是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因树是一种估计,是因为在置换数目 ...
使用 PhyML 构建进化树
1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然树。参考文献：New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...
基于遗传距离的方法构建系统进化树
二、接下来基于遗传距离矩阵构建系统进化树软件使用 /lustre/softs/phyl ...
比较基因组学中-利用单拷贝基因构建进化树
（4）进化树构建 RaxML MEGA 等， 很多文献用RaxML，PhyML或Mrbayes，因为M ...
利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树
对于经常构建进化树的朋友来说，MEGA应该是个老朋友了。MEGA从1993年的第一个版本问世一直锤炼到去年刚刚发布的MEGA-X，已经经历了26年，在这期间，MEGA共更新八个版本，先后在Molecular Biology and Evolution、Bioinformatics、Computer ...