原文:41、OrthoMCL和mcl软件进行基因家族分析

转载:http: www.realbio.cn news .html https: blog.csdn.net seallama article details http: www.cnblogs.com huangying p .html . 数据库的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql账户并建立相应的数据库。关于mysql用户的创建我们不在此进行介绍,我们以已经建立好的账户 账户 ...

2018-12-16 12:51 0 2258 推荐指数:

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OrthoMCL及orthofinder 两种软件进行聚类分析

OrthoMCL介绍 1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性,OrthoMCL能将一组proteins(比如全基因组的proteins)归类到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。 2. ...

Fri May 15 02:54:00 CST 2020 0 1640
基因家族分析之同源基因的寻找

Blast进行同源基因的寻找 参考博客: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基于蛋白的比对结果,寻找某一个蛋白家族的同源基因,使用如下的参数 ...

Fri Mar 06 18:00:00 CST 2020 0 1423
基因家族成员鉴定

基因家族工作做一简单介绍 基本思路 数据准备 确定好研究的基因家族后(比如:NBS,MADS-box etc.),下面就可以下载相关数据。 所研究物种的基因组序列; genome.fa 所研究物种蛋白序列;pep.fa 所研究物种gff文件 目标基因家族 ...

Sun Jan 31 21:53:00 CST 2021 0 760
基因家族收缩和扩张分析 & Selective loss pathway & 泛基因

套路 这通常就是基因组组装后的必做分析,通过比较基因组学的手段进行分析,可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化,从而导致了其特殊的适应性机制的形成。 参考: Extremotolerant tardigrade genome and improved ...

Tue Jan 17 21:07:00 CST 2017 0 4354
如何利用HMMER鉴定基因家族成员

通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员,首先是比对序列,再次是需要目标物种的蛋白序列,来进行比对,通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。 1 、利用软件HMMER进行模型搜索,软件官网:http ...

Thu Dec 19 05:50:00 CST 2019 0 3339
实战--利用HierarchicalClustering 进行基因表达聚类分析

利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析 一、原理 根据基因表达数据,得出距离矩阵   ↓ 最初,每个点都是一个集合 每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离 新集合与别的集合距离的计算方法 ①两个集合之间的最短 ...

Sun Nov 18 22:16:00 CST 2018 0 1254
[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析

前言 在生物信息学数据分析中,许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...

Tue Dec 28 02:21:00 CST 2021 0 2524
 
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