原文:实战--利用HierarchicalClustering 进行基因表达聚类分析

利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析 一 原理 根据基因表达数据,得出距离矩阵 最初,每个点都是一个集合 每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离 新集合与别的集合距离的计算方法 两个集合之间的最短距离 两个集合所有点之间求距离求平均 把这个新集合加入距离矩阵中,原来的两个小集合就被替换掉 如此循环,直到剩下一个集合,那就建立了一棵树 在树的某一处横断,就可 ...

2018-11-18 14:16 0 1254 推荐指数:

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利用RNAseq数据做聚类分析

library(ConsensusClusterPlus)library(factoextra)library(cluster)library(NbClust)# 读入数据data = read.ta ...

Mon Sep 19 17:57:00 CST 2016 0 3782
使用K均值算法进行聚类分析实战数据集(注释全)

介绍 kmeans算法又名k均值算法。 算法思想:先从样本集中随机选取 k">𝑘k 个样本作为簇中心,并计算所有样本与这 k">𝑘k 个“簇中心”的距离,对于每一个样本,将其划分到与其距 ...

Fri Nov 15 07:01:00 CST 2019 0 890
SPSS聚类分析

聚类分析是根据对象的特性对其进行定量分类的一种多元统计方法。 比如:不同地区城镇居民收入和消费状况的分类研究;区域经济及社会发展水平的分析及全国区域经济综合评价....... 通常聚类分析分为Q型聚类分析和R型聚类分析。 Q型聚类分析:对样品的分类; R型聚类分析:对变量的分类。 通常聚类 ...

Sat Aug 21 23:12:00 CST 2021 0 260
聚类分析详解

sklearn—聚类分析详解(聚类分析的分类;常用算法;各种距离:欧氏距离、马氏距离、闵式距离、曼哈顿距离、卡方距离、二值变量距离、余弦相似度、皮尔森相关系数、最远(近)距离、重心距离) 这一章总结的很痛苦,打公式费时费力 ...

Sun Jan 10 04:34:00 CST 2021 0 747
聚类分析案例

一、数据挖掘的常用方法 利用数据挖掘进行数据分析常用的方法主要有分类、回归分析聚类、关联规则、特征、变化和偏差分析、Web页挖掘等,它们分别从不同的角度对数据进行挖掘。 分类。分类是找出数据库中一组数据对象的共同特点并按照分类模式将其划分为不同的类,其目的是通过分类模型,将数据库中的数据项 ...

Sat Apr 01 21:54:00 CST 2017 0 8972
Mahout聚类分析

聚类分析 什么是聚类分析聚类 (Clustering) 就是将数据对象分组成为多个类或者簇 (Cluster),它的目标是:在同一个簇中的对象之间具有较高的相似度,而不同簇中的对象差别较大。所以,在很多应用中,一个簇中的数据对象可以被作为一个整体来对待,从而减少计算量或者提高计算质量 ...

Tue May 22 22:08:00 CST 2012 2 7020
Mahout聚类分析

聚类分析 什么是聚类分析聚类 (Clustering) 就是将数据对象分组成为多个类或者簇 (Cluster),它的目标是:在同一个簇中的对象之间具有较高的相似度,而不同簇中的对象差别较大。所以,在很多应用中,一个簇中的数据对象可以被作为一个整体来对待,从而减少计算量或者提高计算质量 ...

Tue May 08 07:56:00 CST 2012 0 7908
 
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