原文:bowtie:短序列比对的新工具

bowtie:短序列比对的新工具 转 : : 转载 标签: 转载 原文地址: bowtie:短序列比对的新工具 转 作者: 玉琪星兆 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接 碱基长度的序列时,可以达到每小时 . 亿次的拼接速度。 Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取 个碱基的 ...

2018-11-09 22:51 0 813 推荐指数:

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用blast blastn进行序列的搜索(比对

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越 ...

Tue May 18 01:25:00 CST 2021 0 1893
生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtiebowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...

Fri May 10 21:12:00 CST 2019 0 580
比对程序 Bowtie2 的简单使用

主要简述 bowtie2 的入门用法,完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 参考文档 最重要的参考文档还是官方文档: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文献: Fast ...

Tue Sep 22 05:43:00 CST 2015 0 2385
序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
序列比对&建树

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
序列比对-muscle & trimal

2021年了,从零开始几个字可以去掉了,做了很多次服务器搭建,其实能够叫零的之前已经是讲完了。 其实应该做一个总结,但是没有时间,后面再说吧。 本文也没有什么内容,因为很简单: ...

Fri Jan 29 03:09:00 CST 2021 0 580
 
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