HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的。 一、HISAT ...
转录组分析 Hisat StringTie Ballgown使用 : : 转载 标签: 生物信息学 转录组 .Hisat 建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT package, extract splice site and exon information from the gene annotation ...
2018-11-09 22:48 0 1987 推荐指数:
HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的。 一、HISAT ...
HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools ...
转载于:https://www.ivistang.com/articles/312 准备软件和数据 安装miniconda wget -c https://repo.ana ...
Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 ...
转录组分析的正确姿势 转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较,寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本,并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。 转录组的测序分析也相对成熟,从RNA提取、构建文库、上机测序再到结果解析既可以自己完成 ...
转载来自https://zhuanlan.zhihu.com/p/393674599 写的非常好 怕找不到留着自己看!如果作者不同意我会删除。 前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程,根据 RNA-seq 测序技术的不同,可以分为三种: Stark et al. ...
Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...
转录本组装软件StringTie的使用说明 StringTie 转录本组装软件StringTie的使用说明 转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol ...