转录组差异表达分析小实战(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战(一),将小鼠的4个样本又重新跑了一遍,从而获得一个新 ...
使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子 : : Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph,理论上每一个图对应一个表达的基因。 整个流程分为三个步骤:Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm:从reads中提取所有的重叠k mers,根据丰度递减的顺序检查每个k mers,然后将重叠的k mers延长到不能再延长 ...
2018-11-09 22:21 0 1899 推荐指数:
转录组差异表达分析小实战(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战(一),将小鼠的4个样本又重新跑了一遍,从而获得一个新 ...
转录组差异表达分析小实战(一) Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 读文献获取数据 文献名称:AKAP95 regulates splicing through ...
使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 ...
差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低,转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念,很多人还不是很清楚。今天,小编就来谈谈在转录组分析中,经常会遇到的一个概念FDR,那什么是FDR?为什么要用FDR呢?一起来学习吧! 什么是FDR ...
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-referen ...
1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵: 得到表达 ...
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Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 ...