原文:简单使用limma做差异分析

简单使用limma做差异分析 Posted:五月 , Under:TranscriptomicsBy Kaino Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA Seq的差异分析,按照其文章所说: limma is an R Bioconductor software package that provides an integrated solution f ...

2018-11-09 21:34 0 713 推荐指数:

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用“limma”进行差异表达分析

1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵: 得到表达 ...

Mon Mar 09 22:45:00 CST 2020 0 697
简单使用DESeq2/EdgeR差异分析

简单使用DESeq2/EdgeR差异分析 Posted: 五月 07, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments DESeq2和EdgeR都可用于基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似 ...

Sat Nov 10 05:33:00 CST 2018 0 4084
R语言——limma包进行多组差异表达分析

目录 1. 加载表达矩阵 2. 创建样本分类表 3. 加载limma包,构建如下矩阵 4. 规定哪一组数据与哪一组数据比较 5. 获取差异表达数据 6. 导出差异表达数据 1. 加载表达矩阵 2. 创建样本分类表 获得类似 ...

Sun Mar 07 07:50:00 CST 2021 0 1681
limma包的使用技巧

limmar package是一个功能比较全的包,既含有cDNA芯片的RAW data输入、前处理(归一化)功能,同时也有差异化基因分析的“线性”算法(limma: Linear Models for Microarray Data),特别是对于“多因素实验(multifactor ...

Wed May 07 00:44:00 CST 2014 0 10505
零基础照样RNA-seq差异分析

零基础照样RNA-seq差异分析 GCBI知识库2018-08-24 14:43:36 基因表达谱的差异分析是RNA-seq中最常见的应用。你眼中的RNA-seq差异分析或许是酱紫的,对不会编程,不懂统计,纯正生物学出生的人, 内心简直SOS…… 但有些人眼中 ...

Sat Nov 10 04:35:00 CST 2018 0 1324
 
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