原文:零基础照样做RNA-seq差异分析

零基础照样做RNA seq差异分析 GCBI知识库 : : 基因表达谱的差异分析是RNA seq中最常见的应用。你眼中的RNA seq差异分析或许是酱紫的,对不会编程,不懂统计,纯正生物学出生的人, 内心简直SOS 但有些人眼中的RNA seq差异分析却是这样的,借助云平台和图形化界面,生信零基础同样可以做RNA seq差异分析。 小编也是第一次尝试,一起来看看云平台如何拯救你我于水火之中。RNA ...

2018-11-09 20:35 0 1324 推荐指数:

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RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值 ...

Sat Dec 15 19:18:00 CST 2018 0 1543
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对;2) read count计算;3) read count的归一化;4)差异表达分析; 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2);2) Read count(多重比对 ...

Tue Nov 13 18:50:00 CST 2018 0 5028
RNA-seq 数据的简单分析

主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
Bulk RNA-seq 转录组分析

Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...

Fri Nov 06 22:52:00 CST 2020 0 714
RNA-Seq分析软件HTSeq的安装

1.本人刚开始安装的时候,先下载相关的软件包,然后安装installtion中的方法安装, 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议, 发现特别麻烦,后来无意中 ...

Sun Sep 10 03:24:00 CST 2017 0 1324
RNA-seq 基本分析流程

高通量测序技术,就是二代测序,已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学,表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究,从而避免了许多之前研究手段的不足,比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识 ...

Wed Feb 27 02:20:00 CST 2013 2 14247
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
 
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