原文:差异表达分析之FDR

差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低,转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念,很多人还不是很清楚。今天,小编就来谈谈在转录组分析中,经常会遇到的一个概念FDR,那什么是FDR 为什么要用FDR呢 一起来学习吧 什么是FDR FDR false discovery rate ,中文一般译作错误发现率。在转录组分析中,主要用在差异表达基因的分析中,控制最终 ...

2018-11-06 22:42 0 1757 推荐指数:

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用“limma”进行差异表达分析

1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵: 得到表达 ...

Mon Mar 09 22:45:00 CST 2020 0 697
转录组差异表达分析小实战(二)

转录组差异表达分析小实战(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战(一),将小鼠的4个样本又重新跑了一遍,从而获得一个新 ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 2917
转录组差异表达分析工具Ballgown

Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 ...

Wed Dec 13 20:37:00 CST 2017 0 3077
转录组差异表达分析小实战(一)

转录组差异表达分析小实战(一) Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 读文献获取数据 文献名称:AKAP95 regulates splicing through ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 708
单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

前面已经讲解了: 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing 单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵 单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 单细胞分析实录(4): doublet检测 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程 单细胞 ...

Fri Jan 08 02:43:00 CST 2021 3 3438
使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子

使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子 2017-06-12 09:42:47 293 0 0 Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph,理论上每一个图对应一个表达的基因。 整个流程分为三个步骤 ...

Sat Nov 10 06:21:00 CST 2018 0 1899
 
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