原文:使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是 年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy. pubmed: 作者通过将FoxO floxed ...

2018-12-10 01:10 0 10751 推荐指数:

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GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集

一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
网页工具KOBAS进行KEGG富集分析

KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具,用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...

Sat Jan 04 21:32:00 CST 2020 0 5837
用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六):差异表达基因

接前一篇: 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库

  Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因数据。 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式。 GEO数据储存 ...

Sat Sep 22 06:02:00 CST 2018 0 7419
KEGG数据库

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis ...

Mon Dec 26 19:08:00 CST 2016 0 4000
KEGG数据库介绍

1、KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能 ...

Wed Sep 12 19:13:00 CST 2018 0 2257
如何构建自己的KEGG数据库

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 3 下载所需要物种的KEGG.db 4 测试本地的包 ...

Sat Dec 28 00:19:00 CST 2019 0 1146
(转)基因芯片数据GO和KEGG功能分析

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明 ...

Fri Jan 08 18:40:00 CST 2016 0 4069
 
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