原文:常用生信分析软件

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2018-11-02 22:05 0 906 推荐指数:

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分析常用脚本(二)--SOAPdenovo

1.SOAPDenovo配置文件示例 软件下载安装和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg 运行脚本: run.sh 02. VCFtools的使用 软件下载和使用 ...

Sat Nov 03 05:48:00 CST 2018 0 671
软件工具-Trimmomatic

Trimmomatic 注意:软件工具一般会定期进行迭代更新,如果使用出现问题,请查看官方文档。 可以用来切除illumina测序平台的接头序列,还可以去除由我们自己指定的特定接头序列,而且同时也能够过滤read末尾的低质量序列。具体的原理就是通过滑动一定长度的窗口,计算 ...

Mon Jul 13 17:18:00 CST 2020 0 935
软件工具-fastp

fastp 注意:软件工具一般会定期进行迭代更新,如果使用出现问题,请查看官方文档。 fastp是一款数据质控过滤软件,作者是陈实富,来自深圳海普洛斯公司。他们将这款工具开源免费使用,这一点是非常值得称赞的。其实国内很多测序公司都有自己开发的数据处理程序,不过很多都在内部使用 ...

Wed Jul 15 00:24:00 CST 2020 0 2394
部署一个简单的分析流程

在生公司里,有相当一部分人都是负责编写流程和维护流程。 流程pipeline,就是让用户(前端)在填写配置文件后能够一键运行的脚本,最终自动得出结果,并生成报告,有的公司还会将结果上传。 自动化pipeline必须具备的功能: 读取配置文件,生成相应的待执行的脚本 按照先后 ...

Tue Nov 29 00:03:00 CST 2016 0 3608
Linux 项目案例在线分析

,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。日常分析中,多数整理工作 ...

Tue Jun 09 17:18:00 CST 2020 0 728
软件工具-trim_galore

trim_galore 注意:软件工具一般会定期进行迭代更新,如果使用出现问题,请查看官方文档。 网址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安装fastqc ...

Wed Jun 24 17:45:00 CST 2020 0 1178
分析-windows-blast序列比对

这是一个尝试性的文章,能不能解决我要解决的问题,并不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,实现将短序列比对上reference基因组,并实现变异位点可视化。===补言=== 比对常用的是NCBI网站,打开NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
基础知识【04】GO和pathway分析

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞 ...

Fri Jun 22 19:59:00 CST 2018 0 16287
 
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