http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...
安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source http: bioconductor.org biocLite.R options BioC mirror http: mirrors.ustc.edu.cn bioc biocLite DO.db , type source biocLite BiocUpgrade biocLite clusterProfiler biocLi ...
2018-10-25 11:49 0 2472 推荐指数:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...
。 BioConductor是建立在R语言环境上的生物芯片数据和基因组数据分析软件包,主页是 http://www.bi ...
接前一篇: 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...
接前一篇: 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三):计算median 归一化是从normalization翻译过来的。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较,消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源于样品制备,点样,杂交过程,杂交信号处理等。 归一化 ...
以下分析用到的数据可以在这里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下载,这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究,样本是20个蝴蝶个体,其中10个是当地固有个体(old),另外10个是新迁入的个体(new ...
接前一篇: http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html 我们已经知道要分析的数据对每个基因有3个重复测定值,经过缺失值填充后,每个基因都有3个可用值。 这一步很简单,就是取这3个值的中位数,即median ...
接前一篇:用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四):芯片内归一化 上次进行了芯片内的归一化,但是我们的数据来自于10张芯片,为了让这10张芯片之间有可比性,需要进行芯片间归一化。 具体原理就不介绍了。 这里用到Bioconductor的一个package,叫做limma ...
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息 ...