原文:ngs中reads mapping-pku的生信课程

.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题。 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度相差不大的。 现在问题有几个特征: .reads和ref的长度有着跨数量级的差异,reads长度通常不超过 bp,而r ...

2018-10-20 11:13 0 1045 推荐指数:

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基础概念之unique reads VS multi-mapping reads

unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: the quantity of unique reads :25159791-1027691= the quantity ...

Sat Jul 01 23:54:00 CST 2017 0 2245
[自学] MIT的EECS本科+研究课程【持续更新-2020.06.02】

前言   我的本科是读的电子信息工程,研究跟着老师做项目,参与到深度学习来,毕业后做了算法工程师,工作之后愈发发现,不论从事什么岗位,基础都很重要,但现在也没有时间再读一遍本科了,自学的话也不知道从何学起,就产生我为什么不试着自学大学里面CS专业课程的念头。我自认为自己算是孜孜不倦的,用学习 ...

Fri Apr 10 18:51:00 CST 2020 3 1136
ElasticSearch Mapping

公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 1,ES Mapping ES Mapping 相当于传统数据库的表定义,它有以下作用: 定义索引的字段的名字。 定义索引的字段的类型,比如字符串,数字 ...

Thu Feb 25 18:12:00 CST 2021 0 1178
elasticsearchmapping简介

默认mapping ES能非常聪明的识别出"name"和"description"字段的类型是string, ES默认会创建以下的mappingmapping参数 字段的type(es数据类型) ...

Tue Feb 25 06:34:00 CST 2020 0 1882
ElasticsearchMapping

映射(Mapping) 概念:创建索引时,可以预先定义字段的类型以及相关属性。从而使得索引建立得更加细致和完善。如果不预先设置映射,会自动识别输入的字段类型。 官方文档(字段数据类型):https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch ...

Tue Nov 21 22:21:00 CST 2017 0 1470
esmapping的理解

(1)往es里面直接插入数据,es会自动建立索引,同时建立type以及对应的mapping (2)mapping中就自动定义了每个field的数据类型 (3)不同的数据类型(比如说text和date),可能有的是exact value,有的是full text (4)exact value ...

Thu Mar 08 05:31:00 CST 2018 0 2779
高通量测序reads、contig、scaffold什么意思?

高通量测序数据分析: 高通量测序,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么关系? 1. 什么是read? 高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是读序;就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代 ...

Sun Oct 11 05:24:00 CST 2020 0 2768
常用分析软件

官网 源码 安装&使用 BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/ ht ...

Sat Nov 03 06:05:00 CST 2018 0 906
 
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