原文:基于序列比对的系统发育分析

简介: 进化生物学是指研究不同生物在一段时期中的改变,其目的是提供理论,进而解释生物多样性的过程和机制。与证据充足的生物学相比,支持进化生物学的确凿证据并不多,往往只能通过其他生物学分支学科提供的例证来形成理论,形成的理论来解释这些例证。譬如鲸类为什么能适应水生环境,通过生物学上基本特征的观察:毛发 骨盆的消失和减少,进而产生鲸类的祖先可能直接起源于毛发少的两栖动物而非地球上的哺乳类的假设,这些 ...

2018-10-19 13:09 0 2616 推荐指数:

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系统发育树处理

PAUP PAUP(简约法和其他方法的亲缘分析)是由简约法、最大似然法和距离法用于亲缘分析的程序,为系统发育分析提供一个简单的,带有菜单界面的,与平台无关的,拥有多种功能(包括进化树图)的程序。 WINIPAUP 1.0 ...

Sun Oct 06 05:14:00 CST 2019 0 429
系统发育树理论基础

地位,使得进化生物学发生了一场革命性的变革。 其中共同祖先学说是构建系统发育树的理论基础(p ...

Sun Jul 16 04:32:00 CST 2017 0 5132
系统发育(进化)树绘制小结

目录 1.分析软件 2.进化树美化和注释 2.1 iTOL美化 2.2 ggtree 1.分析软件 很多很多软件,最常用的有: MEGA PHYLIP 构建进化树一般的步骤是:序列比对,构树(距离法,独立元素 ...

Tue Oct 27 03:57:00 CST 2020 0 2325
系统发育树构建算法和软件

文章转载于 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 (1)距离法 对于UPGMA树现在已经很少见了,我只有在处理SSR数据的时候分析过一次,ME的方法不适用于物种数目较多的时候,计算时间较长。因此在这里以邻接法,NJ(Neighbor-Joining ...

Sun Jul 16 04:48:00 CST 2017 0 5482
序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
生信分析-windows-blast序列比对

这是一个尝试性的文章,能不能解决我要解决的问题,并不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,实现将短序列比对上reference基因组,并实现变异位点可视化。===补言=== 比对常用的是NCBI网站,打开NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
序列比对&建树

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
 
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