原文:对FPKM/RPKM以及TPM的理解

对FPKM RPKM以及TPM的理解 年 月 日 : : sixu days阅读数: 标签:FPKM RPKMTPMRNA Seq更多 个人分类:RNA Seq 虽然一直在接触FPKM RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本。最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来。 首先来看FPKM RPKM的起源: 在RNA Seq中,最简单的定量 ...

2018-10-18 10:49 0 949 推荐指数:

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【生物信息】RPKM, FPKMTPM

注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解:一个基因 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

在分析了若干转录组之后发现,处理数据的时候最重要的不是技巧多么绚丽,你调包的能力有多么强。而是把基本的概念特别是统计和数学上的方法咬烂嚼吐,才是真正理解和掌握了分析数据的底层原理: 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行normalization是一个 ...

Fri Jul 06 05:50:00 CST 2018 0 914
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请 ...

Fri Oct 19 05:37:00 CST 2018 0 1316
转录组表达量计RPKMFPKMTPM说明

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有:RPKMFPKMTPMRPKM:Reads Per Kilobase Million;说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million ...

Sat Apr 28 06:03:00 CST 2018 0 31657
基因表达量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM

之前不是很理解这两个概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因组学技术专题(二):为什么说FPKM/RPKM是错的 转自:安诺基因 我们都知道RNA-seq是通过NGS技术来检测基因表达量的测序方法。在衡量基因表达量方面,若是单纯以比对到参考基因的Reads个数(我们通常称之为Count值 ...

Thu Feb 16 00:24:00 CST 2017 0 1485
RPKM

的表现量,所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估计基因的表现量。 RPKM是 ...

Thu Feb 28 22:26:00 CST 2013 0 8874
 
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