GATK
GATK使用简介 Part1/2 GATK(全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很多有用的工具。 网址：http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki ...
原文：GATK --- wdl 语言
GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar eg 对于一个WDL脚本，有 个核心结构： ，workflow , task：代表任务，读取输入文件，执行相应的commond，然后输出output。task中可以有参数。 ， cal ...
2018-10-16 17:24 0 1485 推荐指数：
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一、使用GATK前须知事项： （1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验设计（RNA-Seq）的分析方法。 （2）GATK是一个应用于前沿科学研究的软件，不断在更新 ...
linux redhat8 /usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory gatk安装报错解决方法
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