原文:参考基因组及注释文件下载

从三大核酸数据库NCBI Ensembl UCSC下载参考序列及注释文件 .人类基因组版本对应关系 NCBI Ensembl UCSC GRCh release hg GRCh release hg GRCh release hg .NCBI 人类基因组 GRCh 下载 默认 : ftp: ftp.ncbi.nih.gov genomes H sapiens GRCh 下载: ftp: ftp.n ...

2018-09-20 16:44 0 11029 推荐指数:

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【转录入门】4:参考基因组注释文件

作业要求: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业,截图几个基因的IGV可视化结构!还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图基因结构 ...

Sun Jul 01 05:27:00 CST 2018 0 9768
用哪个版本的基因组注释文件好?| 亲测

What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) 这是一个很细节也很实际的问题,到底用哪个版本? 参考: What Ensembl ...

Mon Mar 26 03:40:00 CST 2018 0 2477
关于基因组注释文件GTF的解释

  GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...

Tue Jun 06 18:44:00 CST 2017 0 10629
转录入门(4):了解参考基因组基因注释

任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组; 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
 
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