1、使用一下命令 编译中出现报错: 查了一下资料,大概是PKG_CONFIG_PATH这个环境变量出了问题,找不到软件安装过程中依赖包的位置。 在PKG_CONFIG_PATH变量指定路径中,应该有库的名称加.pc的文件。 以下就是排查 ...
官网地址:https: vcftools.github.io examples.html vcftools的软件下载:https: vcftools.github.io examples.html 安装 第一种情况的: tar xvf vcfools. .X.XX.tar.gz export PERL LIB path to your vcftools directory src perl cd ...
2018-09-17 15:44 0 4128 推荐指数:
1、使用一下命令 编译中出现报错: 查了一下资料,大概是PKG_CONFIG_PATH这个环境变量出了问题,找不到软件安装过程中依赖包的位置。 在PKG_CONFIG_PATH变量指定路径中,应该有库的名称加.pc的文件。 以下就是排查 ...
The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Ext ...
下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下: 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt ...
VCFtools用来处理VCF文档。 筛选特定突变 比较文件 总结突变 转化文件格式 验证并合并文件 取突变交集和差集 Get basic file statistics input可以为VCF或BCF格式(--vcf --gvcf or --bcf ...
因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息 ...
一般来说有两种解决方案。 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error ...
1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入 ...
linux上使用wget下载文件 首次安装的centos操作系统是没有安装wget的,所以首先需要先安装wget,然后才能使用wget下载文件。 1、第一步,保证centos能正常连网。使用命令 :yum -y install wget 如下图,稍等一会即可安装 ...