原文:kegg富集分析之:KEGGREST包(9大功能)

这个包依赖极有可能是这个:https: www.kegg.jp kegg docs keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so th ...

2018-09-12 15:01 0 2407 推荐指数:

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DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

何为功能富集分析功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...

Sat Oct 12 03:27:00 CST 2019 1 10035
GO KEGG富集分析绘图

柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...

Mon Jun 15 09:01:00 CST 2020 0 1178
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq的分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
网页工具KOBAS进行KEGG富集分析

KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具,用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...

Sat Jan 04 21:32:00 CST 2020 0 5837
功能富集分析概述

基因功能富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词,网上也有很多教程,教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然,还要知其所以然。这里,我找到两篇富集分析的综述,跟大家一起学习一下 ...

Thu Jul 04 18:54:00 CST 2019 0 1933
【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言 关于clusterProfiler这个R就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息 ...

Tue Jan 07 07:46:00 CST 2020 6 22375
 
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