何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
这个包依赖极有可能是这个:https: www.kegg.jp kegg docs keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so th ...
2018-09-12 15:01 0 2407 推荐指数:
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
输入数据格式 输出图片 ...
柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...
入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq的分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...
KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具,用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...
基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词,网上也有很多教程,教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然,还要知其所以然。这里,我找到两篇富集分析的综述,跟大家一起学习一下 ...
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息 ...
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个 ...