KEGG数据库
参考：KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道，那就是能通过它来做什么？ KEGG数据库里面有什么？ 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息，例如Glycolysis ...
原文：KEGG数据库介绍
KEGG简介 KEGG 数据库于 年由 Kanehisa Laboratories 推出 . 版，目前发展为一个综合性数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起，称为 Ortholog Groups KO entries ，每个 KO 包含多个基因信息，并在一至多个 path ...
2018-09-12 11:13 0 2257 推荐指数：
相关推荐
如何构建自己的KEGG数据库
本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处： 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 3 下载所需要物种的KEGG.db 4 测试本地的包 ...
KEGG orthology (KO) 数据库简介
KEGG, 简称京都基因组百科全书，包含了许多的数据库，对于研究基因功能来说，KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库； KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因，会把和其同源的基因所有基因都归为一类，就是每一个KO, 并赋予一个K number ...
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常，因为它们的本质是相通的，都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库，应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别： 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...
KEGG 数据库本地化（enrichKEGG）
在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。 第一步，先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写，比如：人的缩写是hsa #安装Y叔的包， #安装创建KEGG数据库 ...
【数据库】本地KEGG数据库如何拆分子库？
目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理，序列相似，功能相似，所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对 ...
使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ...
数据库介绍
目录 一:数据库演变史 1.什么是数据库? 2.数据库的作用 二:数据库的演变方向 1.文件操作阶段(保存数据(读写方式)) 2.软件开发目录 ...