原文:org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID,symbol等之间的转换)

安装载入 if org.Hs.eg.db in rownames installed.packages FALSE source http: bioconductor.org biocLite.R biocLite org.Hs.eg.db suppressMessages library org.Hs.eg.db 查看该包所有的对象 ls package:org.Hs.eg.db 功能:可以用 ...

2018-09-09 10:15 0 1873 推荐指数:

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加载org.Hs.eg.db失败问题

org.Hs.eg.db安装成功,但加载时失败: 先运行options(connectionObserver = NULL)命令,后继续加载此可成功 ...

Sun Apr 25 02:20:00 CST 2021 0 328
Ensemble ID转换

Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符,用于标识不同的分子特征,如基因,转录本,外显子,蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义,在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字,如基因名字那样可能发生改变 ...

Thu Jan 28 18:01:00 CST 2021 0 617
使用"biomaRt"进行基因ID转换

1、安装"biomaRt" 2、"ensembl_transcript_id_version" 转 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 输入文件file.txt如下所示: 转换命令如下: 输出文件new如下所示: ...

Tue Jul 27 19:15:00 CST 2021 0 184
如何将DB2的数据库转换到mySQL

  经过几次尝试最终找到解决的办法,因为网上并没有详细说明,所以下面我将详细的步骤记录如下:   1. 大前提是你已经安装好DB2服务器和mySQL服务器,现在只是借用Navicat for MySQL这个软件把DB2数据库转换到mySQL中去。   2. 首先利用这个软件建立一个连接 ...

Mon Jan 20 08:36:00 CST 2014 2 3665
基因id转换

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene ...

Thu May 09 15:48:00 CST 2019 0 2332
bioMart进行基因id转换

1.bioMart的介绍 bioMart是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件自由连接到bioMart数据库,这个可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...

Tue Dec 17 23:40:00 CST 2019 0 9191
NCBI SRA数据库

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...

Thu Jul 19 04:44:00 CST 2018 0 1663
 
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