统计测序深度和覆盖度的工具
1.GATK DepthOfCoverage 结果生成四个文件 4096 Jan 13 21:39 ./ 4096 Jan 13 21:05 ../ 6417 Jan 13 21:39 test.sample_cumulative_coverage_counts ...
原文：bam文件测序深度统计-bamdst
最近接触的数据都是靶向测序，或者全外测序的数据。对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环。 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后，用perl来进行深度及捕获效率的计算。今天无意中看到了bamdst https: github.com shiquan bamdst 这个软件，用起来也很方便，参考GitHub，在此记录使用方法。 下载并安装：下载安 ...
2018-09-06 15:51 0 2129 推荐指数：
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