http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...
.为什么写 网上教程一抓一大把,有的能重复,有的不能重复不了,很多原因。别人能做的不代表你能复制,实践出真知。 不做搬运工,只写有用的,防止以后忘记。每个人理解不同,记录下来,供自己今后参考,顺便分享他人。 .GSEA基本概念 Gene Set Enrichment Analysis 思路: 使用预定义的基因集 通常来自功能注释或先前实验的结果 ,将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检 ...
2018-08-29 17:40 0 19018 推荐指数:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...
大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation analysis)与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法,主要用来评估芯片核转录组 ...
的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧)。 普通的转录组套路并不多,差异表达基因、富集分析、WGC ...
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章 ...
前言 在生物信息学数据分析中,许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
。 换个思路,如果做富集分析,那就稳了,给定一个指定的区域(promoter或enhancer区域),根 ...