【转录组入门】7：差异基因分析
作业要求： 使用R语言，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据 ...
原文：10、差异基因topGO富集
参考：http: www.biotrainee.com thread .html http: bioconductor.org packages . bioc http: www.bioconductor.org packages release bioc html topGO.html https: www.jianshu.com p e f https: rpubs.com aemoore T ...
2018-08-19 20:38 0 1319 推荐指数：
相关推荐
【转录组入门】8：差异基因结果注释
作业要求： 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于一个与众的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。 基本任务是完成这个分析。 【1】环境 ...
转录组（八）：差异基因注释
引入clusterProfiler与注释数据 GO(gene ontology)分析 GO，Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能 ...
edgeR之配对检验分析差异基因的使用教程
edgeR的介绍 背景 RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确检验，广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样，它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq ...
topGO
前面我们讲过GO.db这个包，现在接着延伸topGO包，该包是用来协助GO富集分析 1）安装 if("topGO" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org ...
GSEA-基因集富集分析
Analysis 思路： 使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差 ...
基因或蛋白富集分析，gsea与ssgsea
的基因集富集结果。主要是通过将基因在不同样品间的表达量矩阵转化成基因集在样品间的表达量矩阵，从而来评估不 ...
基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process ...