BED 文件格式 BED 文件格式是一个可变方式的数据线,用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。 首先是三个要求的BED字段 chrom ...
BED文件 BED文件 Browser Extensible Data 格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息。BED行有 个必须的列和 个额外可选的列。每行的数据格式要求一致 见下图 。 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。 BED文件结构: 必须有以下 列 chrom :即染色体号 chromStart ...
2018-08-19 11:43 0 811 推荐指数:
BED 文件格式 BED 文件格式是一个可变方式的数据线,用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。 首先是三个要求的BED字段 chrom ...
bed文件(browse extensive data)以及gff文件(general fearture format) bed文件 第一列是染色体或者contig信息。 第二列是起始位置,从0开始。 第三列是终止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是链方向 ...
BED文件格式 注释文件就是基因组的说明书。告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因,哪些是非编码基因,外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供,比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode ...
fai示例: Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 ...
我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq ...
命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam 参考链接: https ...
1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列 ...
上文介绍的是,运用matlab提供的api函数读取mat文档的数据,从调用的方法可以看出,存在着很大的局限性。因此本文从mat文件的格式,运用C++编程方式读取mat文档内容 摆脱matlab的api调用的束缚。 mat文档的格式 在matlab version 5中,MAT文件由一个128 ...