原文:bed文件格式解读

BED文件 BED文件 Browser Extensible Data 格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息。BED行有 个必须的列和 个额外可选的列。每行的数据格式要求一致 见下图 。 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。 BED文件结构: 必须有以下 列 chrom :即染色体号 chromStart ...

2018-08-19 11:43 0 811 推荐指数:

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BED文件格式

BED 文件格式 BED 文件格式是一个可变方式的数据线,用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。 首先是三个要求的BED字段 chrom ...

Thu Aug 30 17:56:00 CST 2012 0 3336
BED文件格式

bed文件(browse extensive data)以及gff文件(general fearture format) bed文件 第一列是染色体或者contig信息。 第二列是起始位置,从0开始。 第三列是终止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是链方向 ...

Tue Mar 10 00:08:00 CST 2020 0 1004
生信文件格式-BED文件

BED文件格式 注释文件就是基因组的说明书。告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因,哪些是非编码基因,外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供,比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode ...

Mon Jun 22 23:56:00 CST 2020 0 580
bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
plink:ped格式转换为bed格式

命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME   第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam 参考链接: https ...

Mon May 07 01:19:00 CST 2018 0 1030
文件格式解读sam格式文件

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列 ...

Wed Dec 25 00:34:00 CST 2019 0 1129
mat文件格式解读与使用

上文介绍的是,运用matlab提供的api函数读取mat文档的数据,从调用的方法可以看出,存在着很大的局限性。因此本文从mat文件格式,运用C++编程方式读取mat文档内容 摆脱matlab的api调用的束缚。 mat文档的格式 在matlab version 5中,MAT文件由一个128 ...

Sun Nov 10 05:17:00 CST 2013 0 6966
 
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