原文:samtools 使用简述

功能如下: View 主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数: b 输出bam格式。。默认是sam文件 h 输出的sam文件带header。。默认不带 H 仅仅输出header S 输入sam文件。。默认bam文件 u 输出bam文件不进行压缩。。必须有 b参数 c 输出比对上的数 f 输出含有所有flag都reads F 输出没有flag的reads。。数字 代表改reads没有比对上 ...

2018-08-02 21:59 0 2743 推荐指数:

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samtools使用

/Tutorial 安装 由于 samtools 与 htslib , bcftools 经常结合使用,因此, ...

Wed Sep 23 09:43:00 CST 2015 0 2096
samtools 安装使用

官网: https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...

Sun Aug 30 05:10:00 CST 2020 0 1779
samtools和bcftools使用说明

转自:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行 ...

Tue May 16 02:31:00 CST 2017 0 5153
linux下bwa和samtools的安装与使用

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA ...

Fri Mar 06 03:06:00 CST 2015 0 12620
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用 ...

Tue Jun 21 21:47:00 CST 2016 0 6887
简述RadioGroup和RadioButton的使用

简述RadioGroup和RadioButton的使用 在项目中有身份选择的选项,需要用到RadioGroup和RadioButton,这里做个记录,和大家交流一下。 话不多说,一起看代码 XML代码 这里使用了layout_gravity ...

Tue Jun 11 19:51:00 CST 2019 0 5199
Shodan使用简述

申明 本文只做相关介绍,使用者应当严格自律,承诺遵守法律法规 Shodan,一款互联网下的可怕搜索引擎。它的可怕之处在于Shodan可以搜索各种在线的网络设备。比如:摄像头、路由器、打印机、服务器等等。与Google不同的是,Shodan不是通过网站进行搜索,而是搜索互联网背后的信息 ...

Thu Apr 30 19:06:00 CST 2020 4 1105
 
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