原文:r语言代写使用Bioconductor 分析芯片数据

原文链接:http: tecdat.cn p 介绍 芯片数据分析流程有些复杂,但使用 R 和 Bioconductor 包进行分析就简单多了。本教程将一步一步的展示如何安装 R 和 Bioconductor,通过 GEO 数据库下载芯片数据, 对数据进行标准化,然后对数据进行质控检查,最后查找差异表达的基因。教程示例安装的各种依赖包和运行命令均是是在 Ubuntu 环境中运行的 版本: Ubun ...

2018-07-26 15:00 0 1607 推荐指数:

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RBioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化

接前一篇:用RBioConductor进行基因芯片数据分析(四):芯片内归一化 上次进行了芯片内的归一化,但是我们的数据来自于10张芯片,为了让这10张芯片之间有可比性,需要进行芯片间归一化。 具体原理就不介绍了。 这里用到Bioconductor的一个package,叫做limma ...

Thu Dec 06 01:12:00 CST 2012 0 5287
RBioConductor进行基因芯片数据分析(四):芯片内归一化

接前一篇: 用RBioConductor进行基因芯片数据分析(三):计算median 归一化是从normalization翻译过来的。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较,消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源于样品制备,点样,杂交过程,杂交信号处理等。 归一化 ...

Thu Dec 06 00:55:00 CST 2012 0 8500
RBioConductor进行基因芯片数据分析(六):差异表达基因

接前一篇: 用RBioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
RBioConductor进行基因芯片数据分析(二):缺失值填充

以下分析用到的数据可以在这里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下载,这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究,样本是20个蝴蝶个体,其中10个是当地固有个体(old),另外10个是新迁入的个体(new ...

Wed Dec 05 23:09:00 CST 2012 2 7322
RBioConductor进行基因芯片数据分析(三):计算median

接前一篇: http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html 我们已经知道要分析数据对每个基因有3个重复测定值,经过缺失值填充后,每个基因都有3个可用值。 这一步很简单,就是取这3个值的中位数,即median ...

Thu Dec 06 00:23:00 CST 2012 0 3555
R语言代写生存分析数据分析可视化案例

目标 本文的目的是对如何在R中进行生存分析进行简短而全面的评估。关于该主题的文献很广泛,仅涉及有限数量的(常见)问题/特征。可用的R包数量反映了对该主题的研究范围。 R包 可以使用各种R包来解决特定问题,并且还有替代功能来解决常见问题。以下是本次 ...

Tue Jun 25 01:00:00 CST 2019 0 521
R语言代写之文本分析:主题建模LDA

原文:http://tecdat.cn/?p=3897 文本分析:主题建模 library(tidyverse) theme_set( theme_bw()) 目标 定义主题建模 解释Latent Dirichlet分配以及此过程的工作原理 演示如何使用LDA ...

Fri Sep 14 23:42:00 CST 2018 0 2888
 
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