1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装， 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码，进行安装 由于访问 ...

1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令： bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 　　注意：输入 ...

I have a Python, I have a BEDTools. Ah,pybedtools! 前言 pybedtools 是采用 Python 对BEDTools 软件的封装和扩展。为啥要用pybedtools ，而不是直接使用BEDTools 呢？ 当然是我们想在 ...

1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示： sample1 sample2 sample3 3、输入命令： ...

原文：https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言： bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程 ...

简单说明： 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大于512M的染色体 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序 ...

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现，因为gtf每一行比较规律，不像fasta和fastq ...

1、问题安装bedtools 执行make命令是报错fatal error: lzma.h: No such file or directory 2、解决方法 3、再次执行make验证， 已经没有fatal ...