原文:RNA-Seq基因组比对工具HISAT2

原文网址: http: blog.biochen.com archives HISAT 是TopHat Bowti 的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat Bowti 和HISAT的用户转换到HISAT 。官网:https: ccb.jhu.edu software hisat index.shtml HISAT 安装 下载HISAT . . ,并解 ...

2018-07-19 15:07 0 1289 推荐指数:

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转录测序(RNA-seq)技术

转录是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录测序技术使 能够在单核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
Bulk RNA-Seq转录学习

与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章。 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical ...

Thu Aug 03 00:39:00 CST 2017 0 3218
Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
mVISTA 多序列比对叶绿体基因组

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种学的出现,转录学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
single-cell RNA-seq 工具大全

【怪毛匠子-整理】 awesome-single-cell List of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis, including RNA-seq ...

Thu Dec 27 01:54:00 CST 2018 0 702
 
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