用 python 实现如下: 运行结果: ...
在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作是 base 的,包左不包右。 互补序列获取 比较常见的做法是定义一个碱基替换字典,如下所示: 使用python 字符串使用的transla ...
2018-07-18 20:59 0 3217 推荐指数:
用 python 实现如下: 运行结果: ...
代码如下: 这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。 如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便 先定义的一个字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...
1. 原理 对于DNA序列,一阶马尔科夫链可以理解为当前碱基的类型仅取决于上一位碱基类型。如图1所示,一条序列的开端(由B开始)可能是A、T、G、C四种碱基(且可能性相同,均为0.25),若序列的某一位是A,则下一位碱基是A、T、G、C的概率分别为0.25、0.20、0.20、0.20,下一 ...
方法一:reverse函数 方法二:采用切片 ...
1. reversed() 2. range(len(a)-1, -1, -1) 3. range(len(a)) + ~操作符 ~按位取反运算符:对数据的每个二进制位取反,即把1变为0,把0变为1 。~x 类似于 -x-1 PS:遇到问题没人解答?需要Python学习资料 ...
1. reversed() 2. range(len(a)-1, -1, -1) 3. range(len(a)) + ~操作符 ~按位取反运算符:对数据的每个二进制位取反,即把1 ...
DropBox就不用介绍了吧,是云同步的软件,虽然现在国内这种网盘太多了,但是论功能,真心的与DropBox差远了。 今天折腾了一下DropBox的外链,哈哈,超级不错。 当然了好处也多多,以后的图片可以不用传到又拍网,或者自己的空间了。省了空间流量还剩 了时间,最重要的是Dropbox ...
如果你明白了原理其实挺简单的。 加密算法是python自带的 需要导入hashlib import hashlib as hash sha = hasher.sha256() sha.update('your content') print sha.hexdigest() 输出 ...