原文:python实现DNA序列字符串转换,互补链,反向链,反向互补链

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作是 base 的,包左不包右。 互补序列获取 比较常见的做法是定义一个碱基替换字典,如下所示: 使用python 字符串使用的transla ...

2018-07-18 20:59 0 3217 推荐指数:

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利用python求一段DNA序列互补序列

代码如下: 这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。 如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便 先定义的一个字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...

Wed Jan 11 20:42:00 CST 2017 0 2648
[Python] 一阶马尔科夫生成随机DNA序列

1. 原理   对于DNA序列,一阶马尔科夫可以理解为当前碱基的类型仅取决于上一位碱基类型。如图1所示,一条序列的开端(由B开始)可能是A、T、G、C四种碱基(且可能性相同,均为0.25),若序列的某一位是A,则下一位碱基是A、T、G、C的概率分别为0.25、0.20、0.20、0.20,下一 ...

Mon Nov 25 06:38:00 CST 2019 0 476
DropBox反向代理+CDN加速,做外和图床

DropBox就不用介绍了吧,是云同步的软件,虽然现在国内这种网盘太多了,但是论功能,真心的与DropBox差远了。 今天折腾了一下DropBox的外,哈哈,超级不错。 当然了好处也多多,以后的图片可以不用传到又拍网,或者自己的空间了。省了空间流量还剩 了时间,最重要的是Dropbox ...

Tue Aug 28 00:01:00 CST 2012 0 4773
python实现区块代码

如果你明白了原理其实挺简单的。 加密算法是python自带的 需要导入hashlib import hashlib as hash sha = hasher.sha256() sha.update('your content') print sha.hexdigest() 输出 ...

Thu Mar 01 01:28:00 CST 2018 0 1032
 
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