原文:VCF文件处理工具PyVCF

vcf格式示例 fileformat VCFv . FILTER lt ID LowQual,Description Low quality gt FORMAT lt ID AD,Number .,Type Integer,Description Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed gt FORMAT lt ...

2018-07-18 20:52 0 1529 推荐指数:

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基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息。嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要。它的文件信息如下: 文件的开头是一堆 ...

Wed Jun 20 23:36:00 CST 2018 0 940
CSV文件处理工具-CsvUtil

) CsvUtil是CSV工具类,主要封装了两个方法: getReader 用于对CSV文件读取 ...

Sat Oct 30 04:49:00 CST 2021 0 2069
bcftools合并vcf文件

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz   参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...

Fri Jul 06 23:10:00 CST 2018 5 1305
tabix 操作VCF文件

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。 下载地址: 由于snp数量多,所以vcf文件也非常大,常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后,原本的view.vcf文件就变成 ...

Thu Mar 26 04:50:00 CST 2020 0 3929
Linux 入门记录:十七、Linux 命令行文本/文件处理工具

一、文件浏览 cat 查看文件内容 more 以翻页形式查看文件内容(只能向下翻页) less 以翻页形式查看文件内容(可以上下翻页) head 查看文件的头几行(默认10行) tail 查看文件的尾几行(默认10行)    二、正则匹配 ...

Sun Oct 01 08:19:00 CST 2017 0 1528
文本处理工具 - TextBlob

文本处理工具 - TextBlob TextBlob基本介绍 TextBlob是一个用Python编写的开源的文本处理库。它可以用来执行很多自然语言处理的任务,比如,词性标注,名词性成分 ...

Tue Mar 12 19:09:00 CST 2019 0 2059
 
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