Pysam 处理bam文件
Pysam可用来处理bam文件 安装： 用 pip 或者 conda即可 使用： Pysam的函数有很多，主要的读取函数有： AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF ...
原文：pysam操作sam文件
pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况，因此要对reads进行细分，所以之前想用数据库将sam文件信息存储，然后用sql语句进行分类。后来发现很麻烦，pysam就是一个高效读取存储在SAM BAM CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块，可以轻松地对reads进行操作。 .安装Pysam pip install pysam .检查是否安装成功 .读取bam文件 提取 ...
2018-07-18 20:47 0 1566 推荐指数：
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