原文:NCBI SRA数据库

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院 NIH 的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作 INSDC 的一部分,其中包括NCBI序列读取存档 SRA ,欧洲生物信息学研究所 EBI 和DNA数据库 日本 DDBJ 。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA数据库数据来自高通量测序平台 Roche GSSystem ,Illumina GenomeAnalyzer ,A ...

2018-07-18 20:44 0 1663 推荐指数:

查看详情

NCBI SRA数据库使用详解

/48272598_749456477.shtml 我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/s ...

Fri Aug 24 05:03:00 CST 2018 0 14081
NCBI下载SRA数据

NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...

Tue Feb 27 00:42:00 CST 2018 0 6223
NCBI下载sra数据(新)

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续 ...

Mon Aug 14 18:52:00 CST 2017 0 22600
GEO/SRA数据库

GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...

Wed Sep 06 21:51:00 CST 2017 0 2293
生物数据库介绍——NCBI

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed ...

Fri Aug 31 04:31:00 CST 2018 0 10407
NCBI SRA数据如何进行md5校验?

下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了,sra没有md5校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据? 网上查了下是说,sra是自带md5校验的(The SRA ...

Fri Mar 05 19:15:00 CST 2021 0 358
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM