在对vcf的操作有这样三个软件： 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了 view 这个软件包，主要代码如下： 这里面三个参数： 就可以完成了。 ...
2018-07-13 10:05 0 1418 推荐指数：
1. 软件的安装 a. bcftools 的安装 b. bgzip的安装: https://blog.csdn.net/weixin_30471065/article/details/95108525 下载链接：https://github.com/samtools/htslib ...
见命令： bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示： sample1 sample2 sample3 3、输入命令： bcftools view -S samplelistname.txt ...
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行 ...
做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法，软件版本：bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件，准备要保留的个体名文件 ...
1. bgzip 压缩 vcf 文件为 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c ...
shell命令： 其中counts是bcftools的一个插件(plugin) 后面接上的$filename即为需要查看的vcf文件 示例： 这里使用千牛基因组Run9数据做例子 shell命令和运行结果： REF https://samtools.github.io ...
1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令： bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意：输入 ...
