【转录组入门】8：差异基因结果注释
作业要求： 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于一个与众的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。 基本任务是完成这个分析。 【1】环境 ...
原文：【转录组入门】7：差异基因分析
作业要求： 使用R语言，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq 进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 安装DESeq DESeq 对于输入数据的要求： .DEseq 要求输入数据是由整数组成的矩阵。 .DESeq 要求矩阵是没有标准化的。 DESeq 进行差异表达分析 DESeq 分析 ...
2018-07-03 21:47 0 5049 推荐指数：
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作业要求： 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构 ...