【转录组入门】5：序列比对
作业要求： 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引 ...
原文：【转录组入门】6：reads计数
作业要求： 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq count，对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH, ACTIN等等。 安装计数软件：hts ...
2018-07-03 21:05 0 1609 推荐指数：
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sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略。如果原文件中 ...