转录组入门(5)：序列比对
任务列表 比对软件 hisat2的用法 下载index文件 比对、排序、索引 质量控制 载入IGV，截图几个基因 hisat2的用法 本作业是比对到基因组，所以使用gapped or splices mapper，此流程已经更新 ...
原文：【转录组入门】5：序列比对
作业要求： 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat ，并且搞懂它的用法。 直接去hisat 的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件，并且排序 注意N和P两种排序区别 索引好，载入IGV，再截图几个基因看看 顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。 选择比对工具 ...
2018-06-30 22:26 0 3739 推荐指数：
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