原文:【转录组入门】4:参考基因组和注释文件

作业要求: 在UCSC下载hg 参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP ,KRAS,EGFR等等。 作业,截图几个基因的IGV可视化结构 还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图基因结构。了解IGV常识。 参考基因组 下载 地址:UCSC https: genome.ucsc.edu 进入UC ...

2018-06-30 21:27 0 9768 推荐指数:

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转录入门(4):了解参考基因组基因注释

任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组; 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
参考基因组注释文件下载

从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...

Fri Sep 21 00:44:00 CST 2018 0 11029
用哪个版本的基因组注释文件好?| 亲测

What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) 这是一个很细节也很实际的问题,到底用哪个版本? 参考: What Ensembl ...

Mon Mar 26 03:40:00 CST 2018 0 2477
关于基因组注释文件GTF的解释

  GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...

Tue Jun 06 18:44:00 CST 2017 0 10629
转录入门】8:差异基因结果注释

作业要求: 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于一个与众的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到GSEA软件分析。 基本任务是完成这个分析。 【1】环境 ...

Wed Jul 04 05:56:00 CST 2018 0 1082
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
 
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