bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令： bcftools filter Genomes.vcf.gz regions : gt .vcf 注意：输入的vcf以gz格式存在，不然会报错：Failed to open Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式，见这篇文章bcftools将vcf生成 ...
2018-06-22 14:47 0 2803 推荐指数：
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示： sample1 sample2 sample3 3、输入命令： bcftools view -S samplelistname.txt ...
grep查找ERROR，定位位置 awk打印到指定行数 sed打印到文本末尾 awk打印到文本末尾 方法一 方法二 请教大神得到的多种方法 ...
cat snpeff.vcf | java -jar SnpSift.jar filter " ( POS >= 122 ) & ( POS <= 124 ) & ( CHROM = 'chr1' ) " > spe_snpeff.vcf 提取一号染色体 ...
做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法，软件版本：bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件，准备要保留的个体名文件 ...
1、需求：提取登录后的凭证ticket供系统其他接口调用 2、登录接口返回的格式如下： 3、添加正则表达式提取器： 参数说明如下： 参数 解释 引用名称 匹配出来的信息通过此名称进行引用，引用 ...
1、下载安装bedtools； 2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下： 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下： 3、提取多个位置的vcf文件； ...
一、提取样本： 提取样本见命令行： plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为 ...
见命令： bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
