基因染色体定位
1.基因染色体定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一个 文件准备： ①染色体长度信息 ②基因位置信息 #①：染色体长度文件 用基因组序列提取每条染色体的长度信息，结果是NC_开头的基因组编号，不是染色体号 记录 ...
原文：利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read
首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件 .bed, .bim, .fam 。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： java Xmx g jar GenomeAnalysisTK.jar T VariantsToBinaryPed R GRCh .fa V f ...
2018-06-20 16:38 0 1915 推荐指数：
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