FileZilla软件下载网址:https://www.filezilla.cn/ 账号设置:协议 FTP文件传输协议,加密-只使用普通FTP(不安全),登录类型-询问密码,进入NCBI指定文件夹,上传数据。 来源: http://blog.sciencenet.cn ...
往NCBI上上传数据: .注册并登陆NCBI,点击主页的submit选项 .创建bioproject,以及biosample号 Bioproject: Bioproject是一个项目的编号,在文章发表的时候,读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了,因此,在投稿之前,我们需要上传数据并拿到这个ID号。这个id号下面可以存放很多个不同的reads 序列等等,例如在我的项目里面,既有基因组 ...
2018-06-19 17:10 0 1043 推荐指数:
FileZilla软件下载网址:https://www.filezilla.cn/ 账号设置:协议 FTP文件传输协议,加密-只使用普通FTP(不安全),登录类型-询问密码,进入NCBI指定文件夹,上传数据。 来源: http://blog.sciencenet.cn ...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size ...
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续 ...
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...
目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列。 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza。因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意 ...