sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略。如果原文件中 ...
作业要求: 本流程学习的文章是:AKAP regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun Nov : . PMID: 数据地址:GSE 作业:看文章的method,记下所用软件和参数,理解GEO SRA数据的数据存放形式 具体步骤 找到数据地址:GSE 文献检索途径:谷歌学术 SC ...
2018-06-11 14:25 0 1160 推荐指数:
sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略。如果原文件中 ...
作业要求: 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisat2,并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可,然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件,并且排序(注意N和P两种排序区别)索引 ...
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 【1】SRA文件转换成fastq文件 ...
任务列表 比对软件 hisat2的用法 下载index文件 比对、排序、索引 质量控制 载入IGV,截图几个基因 hisat2的用法 本作业是比对到基因组,所以使用gapped or splices mapper,此流程已经更新 ...
作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值 ...
引发了最近对eval火爆的讨论,刚好之前也做过类似的测试,我也跟风凑个热闹,提供两组数据供大家参考。 测试环境: a. 机器:Intel(R) Corei7-2720 2.2Ghz (4核心8线程)、内存8Gb b. OS:Windows 7 Enterprise SP1 64-bit ...
作业要求: 使用R语言,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据 ...
作业要求: 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于一个与众的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出c ...