VCF是用于描述SNP,INDEL和SV结果的文件,下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件,与SAMtools的结果有点不同 VCF文件可以分为两部分看,最上面#号注释的的部分是对一些参数的解释(看英文能懂的话,下面的解释就不用看了),而下面没#号注释的部分则是各个参数对应的具体的值 ...
注意:本文的内容主要来自于GATK官网的讲解,所以vcf也是GATK产生的,用其他caller,比如varscan 产生的vcf文件的内容注释可能不一致。 参考:https: gatkforums.broadinstitute.org gatk discussion what is a vcf and how should i interpret it VCF:由HEADER和RECORDS组成。 ...
2018-06-05 10:05 0 1325 推荐指数:
VCF是用于描述SNP,INDEL和SV结果的文件,下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件,与SAMtools的结果有点不同 VCF文件可以分为两部分看,最上面#号注释的的部分是对一些参数的解释(看英文能懂的话,下面的解释就不用看了),而下面没#号注释的部分则是各个参数对应的具体的值 ...
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利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: ...
VCF文件示例(VCFv4.2) CHROM: 表示变异位点是在哪个contig 里call出来的,如果是人类全基因组的话那就是chr1…chr22,chrX,Y,M。 POS: 变异位点相对于参考基因组所在的位置,如果是indel ...
plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行 ...
VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. ...
问题:大量表格形式的通讯录信息需要导入手机通讯录,一个个导入太繁琐,制作vcard格式文件批量导入联系人。 解决方案:将批量的表格联系人制作为手机可以识别的.vcf后缀的vcard文件,手机联系人从文件添加。 Step1 制作.csv格式通讯录: excel 制作通讯录表格,类别可设 ...