前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧 ...
Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了 satija的力作 ,我之前测试过,但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species 主要目的:identifying ...
2018-06-04 11:09 0 2724 推荐指数:
前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧 ...
最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在检测准确性、计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析、轨迹分析的影响。 现有的检测 ...
如果读过一些单细胞的文献,应该会经常看到一群名为"cycling cell"的亚群,T细胞、B细胞、上皮细胞等等在分亚群的时候,都可能碰到。实际上,这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因,才会被单独聚成一群,里面可能包含多种细胞亚群的混合,只要它们处于细胞周期/增殖状态 ...
前面已经讲解了: 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing 单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵 单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 单细胞分析实录(4): doublet检测 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程 单细胞 ...
这是一个新系列 差不多是一年以前,我定导后没多久,接手了读研后的第一个课题。合作方是医院,和我对接的是一名博一的医学生,最开始两边的老师很排斥常规的单细胞文章思路,即各大类细胞分群、注释、描述,所以起初的几个月都在摸索一条主线,再后来有主线了,要加实验验证,周期有点长。我这边的分析基本做完 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...