今天被人问起如何看懂三代的下机数据，虽然解决了别人的问题，但感觉自己还是没有搞透。 基本的目录结构： 解压后的目录结构： 可以看到数据是以HDF5的格式存储的，格式介绍：PacBio Sequences的HDF5格式 那么，上面目录和文件名都有哪些含义呢？仔细 ...

一开始拿到三代测序的下机数据时，蒙了，readme ？三代测序的下机数据都有哪些，以及他们具体的格式是怎么样的（以sequel 平台为主）。 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头，两端的接头可以一样也可以不一样 B barcode(客户自己设计) I ...

RS II Sequel 在下机文件中，主要有三类文件，bam 文件，bam.pbi 文件，以及xml文件。当我们习惯性的去寻找熟悉的fastq格式文件做分析时，发现找不到了，因为在sequel平台中bam 文件成为了它的替代者，因为其更节约储存空间。这是文件格式的一个重大更新。用于后续分析 ...

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据，对于RS 测序系统而言，会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例，看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容： 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件，文件名 ...

那么，什么是机器学习呢？机器学习这个词是英文名称Meaching Learning的直译，从字面意义不难知道，这门技术是让计算机具有“自主学习”的能力，因此她是人工智能的一个分支。我个人还是比较喜欢T ...

三代纠错的重要性不言而喻，三代的核心优势就是长，唯一的缺点就是错误率高，但好就好在错误是随机分布的，可以通过算法解决，这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具。 纠错和组装是分不开的，纠错就是为了组装，单纯的为了纠错而纠错是没有意义的。 目前的算法大致可以分为三种：1.三代数据自纠 ...

PacBio公司的业务范围也就5个（官网）： Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio ...