原文:GWAS | 原理和流程 | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ plot

GWAS入门必看教程:Statistical analysis of genome wide association GWAS data 名词解释和基本问题: 关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS。应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态 SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。在全基因组范围内选择遗传变异进行基因分析,比较异 ...

2018-05-09 13:18 0 44064 推荐指数:

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基因组关联分析GWAS):为何我的QQ那么飘

前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图: 理想的QQ应该是这样的: 我当时的第一反应是:1)群体分层造成的;2)表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况,如果没有问题就看一下表型分布。 这段时间有空了,我觉得有必要梳理一下这个飘逸 ...

Sun Jun 30 03:54:00 CST 2019 0 1568
基因组关联分析GWAS)的计算原理

前言 关于基因组关联分析GWAS原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写 ...

Wed Oct 23 02:49:00 CST 2019 0 1269
GWAS基因组关联分析

出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
基因组关联分析 (GWAS) - 简介

基因组关联分析 (GWAS) - 简介 在硕士就读期间,就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少, windows 系统分析就足够了,作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来,随着高通量测序成本的降低,标记数量越来越多,不得不进入 linux 和 脚本操作的时代 ...

Sat Mar 05 01:33:00 CST 2022 0 2302
一行命令学会基因组关联分析(GWAS)的meta分析

为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时,常规手段就是将分层的群体独立分析,最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA ...

Fri May 24 00:09:00 CST 2019 0 1472
 
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