原文:转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

在转录组测序 RNA Seq 中,基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有:RPKM FPKM TPM。 RPKM:Reads Per Kilobase Million 说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为 Reads Per Kilobase Per Million Reads ,即 每一百万条Reads中,对基因的每 个Base而言,比对到该 个base的Reads数 , ...

2018-04-27 22:03 0 31657 推荐指数:

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FPKM/RPKM以及TPM的理解

FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:49:00 CST 2018 0 949
基因表达量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM

之前不是很理解这两个概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因学技术专题(二):为什么说FPKM/RPKM是错的 转自:安诺基因 我们都知道RNA-seq是通过NGS技术来检测基因表达量的测序方法。在衡量基因表达量方面,若是单纯以比对到参考基因的Reads个数(我们通常称之为Count值 ...

Thu Feb 16 00:24:00 CST 2017 0 1485
【生物信息】RPKM, FPKMTPM

注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解:一个基因 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

在分析了若干转录之后发现,处理数据的时候最重要的不是技巧多么绚丽,你调包的能力有多么强。而是把基本的概念特别是统计和数学上的方法咬烂嚼吐,才是真正理解和掌握了分析数据的底层原理: 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行normalization是一个 ...

Fri Jul 06 05:50:00 CST 2018 0 914
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请 ...

Fri Oct 19 05:37:00 CST 2018 0 1316
转录差异表达分析小实战(二)

转录差异表达分析小实战(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录差异表达分析小实战(一),将小鼠的4个样本又重新跑了一遍,从而获得一个新 ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 2917
转录差异表达分析工具Ballgown

Ballgown是分析转录差异表达的R包。 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 ...

Wed Dec 13 20:37:00 CST 2017 0 3077
 
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