原文:转录调控实战 | 一文解决转录调控问题 | chIP-seq | ATAC-seq

做生物的想发文章怎么办 转录调控来解析 huyou 最简单的情形: . 我在研究一个非常重要的基因A,功能已经做得差不多了,现在想深挖,第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A . 我发现了一个新颖的转录因子B,非常想知道这个TF到底在调控哪个基因。 研究方法不过几种: . RNA seq分析差异基因,间接推测调控的转录因子。 . 基于大量的ChIP seq公共数据挖掘,用TF的抗体抓TF,同时 ...

2018-04-17 17:57 0 2418 推荐指数:

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表观遗传、开放染色质测序、ATAC-seqChIP-seq简介

表观遗传   表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序:   参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012   研究目的:研究细胞的转录调控。   细胞的大部分时间处于 ...

Thu Jun 20 23:50:00 CST 2019 0 2376
ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放性测序技术

参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下 ...

Mon Apr 23 21:41:00 CST 2018 0 3120
表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
ATAC-seq

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性 ...

Sun Feb 23 02:57:00 CST 2020 0 908
转录调控 | Transcriptional Regulation | Regulon

scRNA-seq做完该做的QC、normalization、imputation、clustering、trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了。 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测 ...

Sat May 05 08:04:00 CST 2018 0 2580
 
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