原文:Secondary ,Supplementary alignment 和bwa mem的-M -Y参数

.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域 比对成功,另一部分和参考区域 比对成功,参考区域 和参考区域 没有交集 或很少 ,那么一条read就会产生两条sam文件, 将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment flag为 。 ...

2018-04-16 16:57 0 980 推荐指数:

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BWA MEM算法

:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for ...

Wed Dec 28 01:32:00 CST 2016 0 11415
bwa用法

一 建立索引   比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta   生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa ...

Tue Jan 03 06:04:00 CST 2017 0 5061
apt install 参数 -y -f

sudo apt-get -y install: -y:yes,在命令行交互提示中,直接输入 yes; sudo apt-get -f install -f:解决包依赖的问题 ...

Tue Jan 19 18:44:00 CST 2021 0 1056
Y-m-d转换为Ym月d日

自己编写的,不能直接套用,理解后可自行变化: $var=explode(' ',$res['act_starting']); $var1=$var[0]; ...

Thu Oct 25 01:29:00 CST 2018 4 498
bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome ...

Fri Mar 06 03:17:00 CST 2015 0 23426
Python的-m参数

1、在命令行中启动Python脚本的时候,经常会用到-m参数,那么-m起了什么作用呢? 2、先看看 python --help 给出的信息: run library module as a script (terminates option list) 意思是将库中 ...

Thu Apr 06 06:20:00 CST 2017 0 76004
python命令之m参数

在命令行中使用python时,python支持在其后面添加可选参数。 python命令的可选参数有很多,例如:使用可选参数h可以查询python的帮助信息; 可选参数m 下面我们来说说python命令的另一个可选参数m 首先我们可以使用 python -h来看看python自带的帮助信息 ...

Sat Apr 14 22:54:00 CST 2018 0 4241
 
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